GICE está organizado a través de una serie de líneas de invesigación que trabajan de forma autónoma, pero coordinadas entre sí. En la actualidad se cuenta con ocho lineas de trabajo: Escuelas para la Justicia Social, Desarrollo Humano y Justicia Social, Aprendizaje-Servicio y Justicia Social, Didáctica de las Ciencias Experimentales y Matemáticas (DICEMA) para el Cambio Educativo y la Justicia Social, Educación Artística para la Justicia Social, Creatividad para el Cambio Educativo y la Justicia Social, Educación Inclusiva y Justicia Social en la Sociedad Digital.
RILME – Red de Investigación sobre Liderazgo y Mejora de la Educación
RILME integra a varios grupos de investigación de universidades españolas que han estado trabajando sobre el Liderazgo y la Mejora Educativa